要在Mathematica中运行一个shell文件并等待运行结束，可以使用RunProcess函数。这个函数可以运行指定的shell命令，并返回一个ProcessObject对象，代表正在运行的进程。你可以使用这个对象来等待进程的结束并获取其输出。

下面是一个示例代码，假设你要运行名为script.sh的shell脚本，并希望获取其输出：

proc = RunProcess[{"bash", "-c", "script.sh"}, ProcessDirectory -> "/path/to/script/directory"];
result = WaitAll[proc];
output = Normal[result["StandardOutput"]];

在这个例子中，我们使用RunProcess函数来运行script.sh，并指定了进程所在的目录。然后，我们使用WaitAll函数等待进程结束，并获取其输出。最后，我们使用Normal函数将输出转换为普通的字符串格式，以便在Mathematica中进行处理。

需要注意的是，如果脚本运行的时间很长，你可能需要考虑使用异步方式运行进程，以避免Mathematica在等待过程中出现超时错误。